Correction TP6

TP 6 Retrovirus exogènes devenus gènes de l’organisme : exemple des gènes des syncytines

Problématique : on cherche à montrer comment l’intégration du génome du virus chez l’Homme illustre un mécanisme de complexification des génomes. 

 

ACTIVITÉ 1 – Mise en évidence de l’origine virale du gène syncytine 1

Étape A – étape 1

  • Le principe expérimental de ce qu’il cherche

Certains rétrovirus infectieux et la capture de leur gène d’enveloppe peuvent contribuer à l’acquisition de certaines fonctions chez le mammifères. Dans l’utérus, les protéines Syncytines 1 et 2 jouent un rôle important dans le syncytiotrophoblaste. Ces deux protéines sont issues du gène ERWE1, situé sur le chromosome 7 et du gène ERV-FRD1 situé sur le chromosome 6. Ces deux gènes pourraient avoir des similitudes avec le rétrovirus Env.

On cherche à déterminer si  la syncytine 1 et la syncytine 2 ont une origine virale et plus précisément du rétrovirus exogène MSRV.

 On cherche à montrer comment l’intégration du génome du virus chez l’Homme illustre un mécanisme de complexification des génomes. 

  • Comment il le fait

Pour ce faire, nous avons besoin du logiciel anagène et des fichiers ERVWE1_ERV-FRD1_MSRV.edi ; syncytine 1 et syncytine 2, qui sont des séquences virales et des séquences du génome humain.  

  • Ce qu’il attend comme résultats

On s’attend à voir des ressemblances entre la séquence virale et celle du génome humain, ce qui témoigne d’une intégration rétrovirale dans le génome humain.

Étape 3

Comparaison entre la séquence protéique qui code pour la syncytine 1 et celle qui code pour le gène Env du rétrovirus

Comparaison entre la séquence protéique qui code pour la syncytine 2 et celle qui code pour le gène du rétrovirus

On observe qu’il y a beaucoup plus de ressemblances entre la séquence protéique qui code pour la syncytine 1 et celle qui code pour le gène du rétrovirus exogène : entre ces deux séquences il y a 87,3 % d’identité et 94,8 % de ressemblance. 

D’autre part, en comparant la séquence protéique qui code pour la syncytine 2 et celle qui code pour le gène du rétrovirus, on observe 21,8 % d’identité et 53,4 % de ressemblance. Nous savons que lorsqu’il y a une très forte ressemblance entre une séquence protéique codant le gène d’un virus et une autre séquence protéique, alors cette dernière provient sans doute de l’intégration du virus dans l’ADN.

Ainsi, la séquence protéique qui code pour la syncytine 1 est d’origine virale. 

 

ACTIVITÉ 2 – Datation de l’infection par les rétrovirus à l’origine des Syncytines 1 et 2

 

Baboon: 24,9 % d’identité

Gorilla: 88,8 % d’identité

Hylobats: 87 % d’identité

Pan troglodytes: 88,1 % d’identité

PONGO_PGMAEUS: 87,2 % 

Homo sapiens: 87,9 %

 

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